Ägidius J. Zsifkovivs wurde am 16. April 1963 in Güssing als Sohn von Ägidius und Gertrude Zsifkovics (geb. Stipsits) geboren. Er stammt aus dem burgenlandkroatischen Teil der Diözese und wuchs zweisprachig – deutsch und kroatisch sprechend – auf. Heute spricht der Bischof darüber hinaus noch Italienisch und Englisch, verfügt über Ungarischkenntnisse und ist aufgrund seiner humanistischen Sprachausbildung mit Latein und Altgriechisch vertraut.
Die Kindheit verbrachte Ägidius Zsifkovics mit seinen Eltern und seiner Schwester Renate in der Gemeinde Hackerberg, zugehörig zur Pfarre Stinatz. In Hackenberg besuchte er die Volksschule, anschließend absolvierte er das Bischöfliche Knabenseminar Mattersburg, das er 1981 mit der Matura abschloss.
Nach der Reifeprüfung trat er in das Priesterseminar der Diözese Eisenstadt in Wien ein und absolvierte ein Theologiestudium an der Universität Wien, das er am 27. Jänner 1987 mit dem Magister der Theologie abschloss. Von 1983 bis 1984 konnte er seine theologischen Studien durch ein Externjahr an der Universität Zagreb bereichern. Am 29. Juni 1987, genau ein Jahr nach seiner Weihe zum Diakon, empfing Ägidius J. Zsifkovics vom damaligen Diözesanbischof Stefan László im Eisenstädter Martinsdom die Priesterweihe. Der von ihm gewählte Primizspruch lautete: „Was er euch sagt, das tut!“ (Joh 2,5).
Am 1. September 1987 trat Ägidius Zsifkovics eine Stelle als Bischöflicher Sekretär und Zeremoniär an – also gerade in jener arbeitsintensiven Zeit, die von den Vorbereitungen auf den Besuch von Papst Johannes Paul II. in der noch jungen Diözese Eisenstadt geprägt war. Der Papstbesuch hatte seinen Höhepunkt in einem Festgottesdienst am 24. Juni 1988 in Trausdorf, knapp an der Grenze zum damals noch kommunistischen Ungarn. Von Anfang September 1988 bis 1992 wurde Zsifkovics von Bischof László für das Studium des kanonischen Rechts an der Päpstlichen Universität Gregoriana in Rom freigestellt. 1990 erwarb er das Lizentiat, 1992 den Doktor des kanonischen Rechts.
Noch während des Kirchenrechtsstudiums wurde er 1991 zum Vizekanzler der Diözesankurie in Eisenstadt ernannt. Nach seiner Rückkehr aus Rom übte er von 1992 bis 1999 das Amt des Ordinariatskanzlers aus. Zudem war Bischof Zsifkovics Advokat des Bischöflichen Diözesangerichts (1992-1994), seit 1992 Mitglied des Priesterrates, seit 1994 Pfarrmoderator und ab 1997 Pfarrer in Wulkaprodersdorf.
Seit 1996 leitete er das Referat für die pastoralen Belange des kroatischen Volksteiles (ab 2000 „Kroatische Sektion“) und war Chefredakteur der kroatischen Kirchenzeitung „Glasnik“ der Diözese Eisenstadt. Von 1993 bis 1997 war er zudem Mitglied des kroatischen Volksgruppenbeirats, in dessen Funktion er auch in der Koordinierungsstelle für Flüchtlinge und Ostkontakte mitwirkte.
Am 1. Februar 1999 übernahm Ägidius Zsifkovics auf Vorschlag von Kardinal Christoph Schönborn und nach Wahl der Mitglieder der Bischofskonferenz das Amt des Generalsekretärs der Österreichischen Bischofskonferenz. In dieser Funktion war Zsifkovics u.a. maßgeblich an den Vorbereitungen für den „Mitteleuropäischen Katholikentag“ (2003/04) mit der „Wallfahrt der Völker“ am 22. Mai 2004 nach Mariazell und für den Österreich-Besuch von Papst Benedikt XVI. von 7. bis 9. September 2007 verantwortlich.
Bereits 1997 wurde er vom damaligen Eisenstädter Diözesanbischof Paul Iby zum Wirklichen Konsistorialrat ernannt; im Jahr 2000 ernannte ihn Papst Johannes Paul II. zum päpstlichen Ehrenkaplan („Monsignore“).
Am 25. September 2010 wurde Ägidius J. Zsifkovics im Martinsdom zum dritten Diözesanbischof von Eisenstadt und damit zum Nachfolger des ersten Eisenstädter Bischofs Stephan László und dessen Nachfolger Paul Iby geweiht. Hauptkonsekrator war Kardinal Christoph Schönborn, ihm zur Seite standen Kardinal Josip Bozanic aus Zagreb und Amtsvorgänger Bischof Paul Iby. 57 Erzbischöfe und Bischöfe wohnten der Bischofsweihe bei. Bereits in seiner Ansprache hob er die Solidarität mit den Mitmenschen, insbesondere die Zuwendung zu den „Mühseligen und Beladenen“, die „Sorge für Arme, Heimatlose, Notleidende“ als „Dauerauftrag für die Kirche“, als konkrete Martinstaten für die Martinsdiözese Eisenstadt hervor.
Auch ein weiteres Grundanliegen von Ägidius Zsifkovics kam bereits mit der Bischofsweihe zum Ausdruck: die Wertschätzung, der Einsatz und die Förderung der sprachlichen, kulturellen, spirituellen und ökumenischen Vielfalt des Burgenlandes und seiner Verortung im Herzen, in der Mitte Europas.
Das Thema Europa und Welt nehmen einen zentralen Platz im Lebensweg von Ägidius J. Zsifkovics ein: 2012 nahm Bischof Zsifkovics als Delegierter der Österreichischen Bischofskonferenz an der Weltbischofssynode teil. Er ist Europabischof der Österreichischen Bischofskonferenz und wurde 2015 von der EU-Bischofskommission ComECE, in der er als Vertreter der Österreichischen Bischofskonferenz sitzt, zum europaweiten Koordinator für Flüchtlingsfragen ernannt. Damit kommt ein weiteres Grundanliegen des Eisenstädter Diözesanbischofs, der in diesem Jahr die Ehrenbürgerschaft und den Ehrenring der burgenländischen Hauptstadt Eisenstadt in Würdigung seiner großen „kulturellen, sozialen und seelsorglichen Bedeutung für die Stadt und ihre Bewohner“ (Bürgermeister Thomas Steiner) erhielt, zum Ausdruck: der Einsatz für Schutzsuchende auf der Flucht.
Bischof Zsifkovics, der als Referatsbischof für die Roma und Sinti in Österreich der ranghöchste Minderheitenvertreter der Republik ist, wurde im November 2015 auch mit dem Referat „Flucht, Migration und Integration“ der Österreichischen Bischofskonferenz betraut.
